Wykonawca ma obowiązek wystawić fakturę za zrealizowane zamówienie

Wykonawca dokumentacji projektowej zrealizował przedmiot zamówienia z prawie rocznym opóźnieniem. Przy niskiej cenie jaką dał wykonawca, kara umowna która zostanie przez naszą jednostkę naliczona przy uwzględnieniu podatku VAT oraz podatku dochodowego spowoduje, że oferent poniesie stratę. Ponadto nie chce on wystawić faktury za wykonaną pracę. Jakie kroki prawne mamy podjąć względem wykonawcy uchylającego się od wystawienia faktury za dokumentację, którą przekazał w komplecie - aczkolwiek po terminie umownym? Przedmiotowe zamówienie jest współfinansowane przez inną jednostkę samorządu terytorialnego, co w konsekwencji powoduje, iż środki alokowane na paragrafie inwestycyjnym nie mogą zostać uwolnione przez naszą jednostkę jako zamawiającego oraz jednostkę współfinansującą. Czy po naszej stronie nie zachodzi obowiązek poinformowania np. Urzędu Skarbowego o zaistniałej sytuacji?