Instytucja zarządzająca to wyznaczona przez państwo członkowskie UE, instytucja odpowiedzialna za przygotowanie i nadzorowanie realizacji Programów Krajowych i Programów Regionalnych Unii Europejskiej. W Polsce, funkcję Instytucji Zarządzającej pełni:
- w programach krajowych - właściwy minister ds. rozwoju regionalnego, tu Minister Inwestycji i Rozwoju,
- w programach regionalnych – Zarząd Województwa.
Zadania instytucji są szerokie – począwszy od ogólnie realizacji programów regionalnych po zawieranie umów i nakładanie korekt finansowych. Instytucja zarządzająca może powierzyć zadania instytucji pośredniczącej i wdrażającej.